Последние десятилетия XV века ознаменовались образованием мощного суверенного государства – России, которая к этому времени обрела независимость от Золотой орды. Одним из этапов ее централизации стало присоединение в 1478 г. Иваном III к своей державе Великого Новгорода. В это же год большая часть Карелии вошла в Новгородский уезд. Основные органы управления Карелией находились в Москве и Новгороде и всегда оставались под жестким контролем русских монархов. Главными управленцами выступали наместники Новгорода.
Земли Карелии являлись значимыми для центра в стратегическом плане – в те времена обострилось русско-шведское соперничество, а Карелия располагалась на приграничной территории. Были и экономические причины повышенного внимания к региону – к середине XVI века Поморье давало около половины всех доходов в государственную казну.
На Карельской земле распространялись и осваивались ремесла: солеварение, судостроение, производство железа. Особый размах получили пушной и рыбный промыслы. Времена опричнины и смуты здесь прошли спокойно, без бунтов и антифеодальных выступлений. Карелия благополучно развивалась. Этот процесс был приостановлен военно-политическими причинами.
Чтобы противостоять польской интервенции, Россия пошла на сближение со Швецией. В 1609 г. был заключен русско-шведский договор, передававший Корельский уезд, включающий земли Карельского перешейка и Северного Приладожья, под власть шведской короны. Русские настаивали, чтобы по условиям договора жители уезда имели право на переезд в Россию. Население открыто противилось передаче своей земли Швеции, однако зимой 1610 года в Корельский уезд вошел большой шведский отряд.
Жители Корелы выступили единым фронтом и отбили город. На сторону населения неожиданно встали воеводы, которые должны были сдать уезд. После нескольких боев шведы решили приступить к осаде. Все кореляне укрылись в крепости, расположенной на острове. Шведам удалось перехватить караван судов с продовольствием, шедший на помощь к осажденным. Жители не сдавались полгода, продолжая героически обороняться. Когда в живых из нескольких тысяч осталось не более сотни человек, а помощи не было, воеводы приняли решение оставить крепость. Всем выжившим в осаде горожанам было разрешено уйти в Россию со своим оружием и имуществом.
Не желая становиться шведскими подданными, остальные жители уезда любыми путями бежали в Россию. Шведы воспротивились переселению местных жителей – их новоприобретенные земли стремительно пустели. Москве запретили принимать переселенцев и потребовали выдачи их Швеции. В результате переговоров Москва обязалась выплатить Шведскому государству компенсацию в размере 190 тысяч рублей. Около 5000 беглых карельских семей смогли стать русскими подданными. Территория Корельского уезда была возвращена России лишь в 1721 г.
Длительные войны России и Швеции отрицательным образом сказались на социально-экономическом развитии края. С другой стороны, именно они стали причиной дальнейшего освоения региона в эпоху Петра I.
Русский царь, первоначально интересовавшийся Карелией только как площадкой для боевых действий в Северной русско-шведской войне, через некоторое время оценил возможности этой местности. Он основал здесь 2 судостроительные верфи и сам 1,5 месяца работал на одной из них, где заложил несколько судов. Для обеспечения верфей железными припасами и корабельным вооружением были основаны Петровские Олонецкие заводы. В 1714 году здесь были открыты минеральные железистые воды, и по приказу царя построили курорт, включающий в себя три деревянных дворца, церковь и дома для персонала и пациентов. Сам Петр со своей женой бывал на курорте 4 раза, останавливаясь на пути к нему в слободе при Петровском заводе. Во времена Екатерины I в 1777 году Петровской слободе был присвоен статус города и дано имя – Петрозаводск.
С течением времени основные промыслы в Карелии приходят в упадок. Центром металлургии стал Урал, куда были переведены мастера Петровского завода и его оборудование, сам завод закрыли. Центр судостроения переместился в Санкт-Петербург. В связи с сокращением объема работ закрыли приладожские верфи. Уральские соляные месторождения нанесли урон по солеварению Поморья. Как и в древние времена, люди могли прокормиться лишь ловлей рыбы и добычей зверей. Правда, в середине XIX века один за другим в Карелии возникают лесопильные заводы – в России растут и строятся города, нуждающиеся в древесине.
Условия труда на этих заводах были очень тяжелыми, рабочий день продолжался от 12 до 16 часов. Сплавщикам и лесорубам приходилось еще хуже – люди жили впроголодь в сырых землянках, получая за свой труд гроши. Среди рабочих бушевали всевозможные болезни при почти полном отсутствии медицинской помощи. Гнетущую картину дополняли огромные безлюдные пространства и дикое бездорожье. К рубежу XX века Карелия подошла отсталой и голодной. Невыносимые условия жизни были благодатной почвой для проникновения революционных идей. Всплеск классового недовольства был неминуем.